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El CNSP a través de sus diferentes unidades, promociona el desarrollo de investigaciones orientadas hacia los principales problemas en salud pública del país, contribuyendo de esta manera a la prevención y control de las enfermedades con impacto en salud pública mediante el mejor conocimiento biológico y epidemiológico de las enfermedades prevalentes como la tuberculosis, malaria, hepatitis, dengue VIH y de enfermedades olvidadas como la enfermedad de Carrión, la enfermedad de Chagas, leptospirosis, peste, rabia, leishmaniosis entre otras.