En 1943 se inicia el control de calidad de medicamentos en la facultad de Farmacia y Bioquímica de la Universidad Mayor de San Marcos. Se crea originalmente en el año 1945 como Laboratorio de Control de Calidad de Medicamentos, siendo incorporado al Instituto Nacional de Salud en 1948.

El 13 de mayo de 1969 según Decreto Ley N° 17642 el Instituto Nacional de Salud (INS) pasa a ser un organismo descentralizado del sector salud. Y según estructura orgánica, se denomina Centro de Control de Productos Biológicos y Medicamentos.

En 1973 el INS firma el Convenio Básico de Cooperación Técnica entre los gobiernos de Perú y la República Federal de Alemania, cuyo objetivo del proyecto fue mejorar la capacidad y la situación del Centro para realizar un control eficiente de la calidad de los medicamentos en el Perú. Inaugurándose el actual local de Chorrillos el 06 de agosto de 1976.

Durante el periodo 1987 – 1990 formó parte del Comité Nacional de Medicamentos y Drogas (CONAMAD).

En enero de 1991 en virtud del Decreto Legislativo 584, el Centro Nacional de Control de Calidad se constituye en un Órgano de Línea del INS y el 6 de mayo del 2008 con D.S. 034-2008-PCM el Instituto Nacional de Salud pasa a ser Organismo Público Ejecutor.

Desde el año 2001 el CNCC viene participando en pruebas de intercomparación internacionales (Ensayos Interlaboratorios) organizados por la Wetenschappelijk Instittuut Nederlandse Aposthekers - WINAp y la OMS/OPS, a la fecha el CNCC ha participado en 19 ensayos ínterlaboratorios, 09 organizados por la WINAp, 04 por la OMS y 6 por la OPS, alcanzando una ubicación entre los mejores laboratorios del mundo (Grupo A I).

El CNCC a inicios del 2009 obtuvo la acreditación internacional conforme a la norma ISO/IEC 17025, con el Organismo de Acreditación Assured Calibration and Laboratory Accreditation Select Services (ACLASS).

A Abril del 2010 el CNCC, revalidado su acreditación ante ACLASS y ha precalificado como laboratorio de referencia de la ONU.