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El Centro Nacional de Alimentación y Nutrición está organizado en tres Direcciones Ejecutivas que son las siguientes:

Dirección Ejecutiva de Ciencia y Tecnología de Alimentos: Órgano de línea del Centro Nacional de Alimentación y Nutrición responsable de proponer, desarrollar, normar, evaluar y difundir la investigación científica y aplicada en el campo del control de calidad de alimentos, la alimentación y nutrición humana. Asimismo de realizar los proceso de control de calidad de alimentos y otros

Dirección Ejecutiva de Vigilancia Alimentaria y Nutricional: Órgano de línea del Centro Nacional de Alimentación y Nutrición, encargado de realizar el monitoreo, seguimiento y evaluación de la situación alimentaria nutricional de la población. Está a cargo de los siguientes objetivos funcionales específicos:

Dirección Ejecutiva de Prevención de Riesgo y Daño Nutricional: Órgano de línea del Centro Nacional de Alimentación y Nutrición, encargado de promover, programar, ejecutar y evaluar las investigaciones que se requieren en el campo nutricional, así como desarrollar y validar las tecnologías orientadas al cambio de comportamiento alimentario y nutricional relacionados a la salud, dirigidos a la población en extrema pobreza y riesgo de desnutrición.