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La Dirección de Alimentación Nacional formaba parte del Ministerio de Fomento, cuando el 30 de Octubre de 1941, una sección de esta Dirección –La Sección Técnica de Alimentación Popular- pasó a integrar la Dirección de Salubridad para constituir el Departamento Técnico de Nutrición

Mediante Decreto Supremo del 2 de Setiembre de 1944 este Departamento Técnico de Nutrición se transforma en el Instituto Nacional de Nutrición; el 21 de Noviembre de 1944 se reglamentan sus funciones las que comprendían: investigación, dietética, formación de dietistas, administración, economía y legislación de la nutrición, divulgación y nutriología “…en todas las clases sociales, colegios, escuelas, fondas, restaurantes, pensiones y establecimientos similares, junto a lo cual debía absolverse las consultas del público”

El Instituto de Nutrición comenzó a funcionar en dos ambientes de la azotea del Ministerio de Salud Pública, Trabajo y Asistencia Social, con limitaciones en el material y equipo de laboratorio. El personal lo constituía un Médico, un químico farmacéutico, tres químicos una secretaria y dos auxiliares de administración, en esos mismos años el Instituto Nacional de Nutrición de Argentina tenía 4 divisiones y dos locales, uno destinado a la enseñanza y laboratorios y el otro era una sala para 60 pacientes, contaba con 309 empleados.

En 1948 es nombrado Jefe del Instituto de Nutrición el Dr. Carlos Collazos Chiriboga quien se encontraba desarrollando estudios en la Escuela de Salud Publica de la Universidad de Harvard. Durante su gestión en 1950 el Instituto se incorporo al sistema administrativo del Servicio Cooperativo Interamericano de Salud Publica. El Servicio Cooperativo Interamericano de Salud Pública era una organización establecida el año 1942 conjuntamente por los gobiernos del Perú y de los Estados Unidos, funcionaba como un organismo del Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social del Perú y tenía la misión de llevar a cabo proyectos cooperativos específicos en salud pública y medicina preventiva, en beneficio del pueblo peruano, en estos programas participaban técnicos y personal subalterno peruanos , este Convenio caducó el 31 de Diciembre de 1961 .

A partir de este momento se firmaron convenios con la Universidad de Harvard para entrenamiento de profesionales peruanos así como para recibir asistencia técnica de dicha Universidad, con lo cual se inicio el desarrollo de las capacidades analíticas del Instituto, emprendiéndose metódicamente el análisis de la composición de los alimentos peruanos, durante estos años se organizó el bioterio con el apoyo de la FAO.

Paralelamente se creo una nueva Unidad en el Instituto denominada “Nutrición Aplicada” y para ello se incorporo a profesionales dietistas de sólida formación que inclusive trabajaban en otros países de América como Chile y Argentina, consolidándose con el aporte de profesionales consultores especialmente en el campo de la educación nutricional.

El desarrollo y la calidad de los trabajos del Instituto atrajeron la atención internacional, de tal forma que se brindo asistencia técnica a la FAO en 1959 con personal del Instituto para la realización de encuestas dietéticas en Paraguay. También permitió recibir asistencia técnica del Smithonian Institución para la realización de estudios en Vicos-Huaraz.

Parte de la asistencia técnica recibida de la Organización de las Naciones Unidad para la Agricultura y la Alimentación FAO permitió la capacitación de dietistas peruanas en el INCAAP en la aplicación de encuestas alimentarias y por otro lado el apoyo técnico con profesionales especializados de la FAO destacados en el Instituto. Con ello se inicio la aplicación de las “Encuestas dietéticas familiares” que formaban parte de las Encuestas Nutricionales y estudios clínicos y bioquímicos, estudios de magnitud nacional.

Las encuestas dietéticas en una comunidad se iniciaban con una visita previa de una dietista para coordinar con las autoridades locales y acopiar información necesaria para la realización de las encuestas, estas duraban siete días consecutivos, luego los datos acopiados pasaban a ser calculados en su composición química utilizando las “Tablas de Composición de Alimentos Peruanos” manualmente (para 20 encuestas familiares se realizaba un promedio de 6,800 operaciones de multiplicación) y la verificación de la exactitud se realizaba por revisión de una a otra dietista; con los años se fueron adquiriendo sumadoras y calculadoras eléctricas las que facilitaron los cálculos a realizar .

Paralelo a ello se desarrollaron actividades de Educación en alimentación y nutrición como medida correctora a los problemas encontrados, entrenándose en este campo a profesionales del Instituto en Universidades de Puerto Rico, Estados Unidos y en la Escuela Nacional de Salud Pública.

Mediante Ley 13908 del 13 de Enero de 1962 el Instituto de Nutrición se integra a los Servicios Especiales de Salud Publica anexo al Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social sobre la base del Servicio Cooperativo Interamericano de Salud Publica.

Por Decreto Ley 17642 del 13 de Mayo de 1969 es integrado a los Institutos Nacionales de Salud como Organismo Publico Descentralizado del Sector Salud dependiente de la Dirección Superior del Ministerio de Salud, junto al Instituto Nacional de Salud Publica (antes Instituto Nacional de Salud), Instituto de Investigación Pecuaria, Instituto de Nutrición, Instituto de Salud Ocupacional y el Centro de Control de Productos Biológicos; precisándose funciones de “preparación de productos biológicos tanto para uso humano como pecuario”, “actuar como centro de referencia en Microbiología y Nutrición”, “certificar la calidad de los alimentos que se adquieran con recursos del Ministerio de Salud”, “certificar la calidad sanitaria de los alimentos que se importen.. cuando sea necesario”, “adiestrar personal profesional y técnico..” aspectos normativos y de investigación. En este OPD se mantiene el Instituto de Nutrición hasta 1987.

Entre 1978-1984 El Instituto tuvo un convenio con la Deutsche Gesellschaft fur Technische Zusammenarbeit GTZ, para realizar estudios sobre el lupino y las microalgas, lo cual permitió una importante asistencia técnica de la Cooperación Alemana para el desarrollo de diversos estudios.

En 1988 el Instituto Nacional de Nutrición pasó a conformar el Ministerio de Salud como Centro de Investigación en Nutrición y Control de Alimentos (CINCA). Seguidamente, sobre la base del Instituto Nacional de Nutrición y el Programa Especial de Alimentación y Nutrición dependiente del MINSA (antes denominada Dirección Nacional de Alimentación) que se encargaba del manejo de Programas de Alimentación Escolar y otros, se crea el Instituto Nacional de Alimentación y Nutrición (INAN), (Decreto Supremo 020-88-SA).

Por Decreto Legislativo 584 del 16 de Abril de 1990 se aprueba la Ley del Ministerio de Salud donde se considera como Organismos Públicos Descentralizados al Instituto Nacional de Salud, Instituto Nacional de Medicina Tradicional, al Instituto de protección del Medio Ambiente y a la Escuela de Salud Publica; integrando el Instituto de Nutrición al Instituto Nacional de Salud con funciones específicas en alimentación y nutrición de investigación, desarrollo de tecnologías apropiadas, producción, registro y control de calidad de alimentos.

En 1995 al aprobarse el Reglamento de Organización y Funciones del Instituto Nacional de Salud (R.M. 178-95-SA/DM) obtiene su actual denominación: Centro Nacional de Alimentación y Nutrición.